ソフトウェアは記憶装置（ハードディスクドライブ、RAMなど）に「ロード」されて初めて機能する（実行可能になる）。逆にコンピュータはプログラムを実行することで機能する。このとき、アプリケーションソフトウェア内の命令列がシステムソフトウェアを経由してハードウェア（CPU）に渡され、それを機械語として実行する。各命令はコンピュータに何らかの操作（データの移動、計算、制御フローなど）を実行させる。
データの移動は、一般にメモリ上のある位置から別の位置に行われる。メモリとレジスタ間の移動の場合もあり、CPUがより高速にデータにアクセスできるようにする。大きなデータの移動は時間がかかるため、ポインタを使って移動しない場合もある。計算には、データのインクリメントのような単純なものも含まれる。より複雑な計算には、複数の命令と複数のデータ要素が必要となる。
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命令は、逐次的に実行される場合、条件つきで実行される場合、繰り返し実行される場合がある。逐次的命令列は、1つずつ順に演算が実行される。条件付き命令列は、何らかのデータの値によってそれが実行されるか否かが決定される。プログラミング言語によってはこれをif文という。繰り返し命令列は、繰り返し実行されるもので、場合によっては何らかのデータの値で繰り返すか否かが決定される。これをループと呼ぶこともある。命令列をひとまとめにしたものをサブルーチンと呼び、他のサブルーチンを「呼び出す」命令もある。プロセッサが複数あるシステムでは（マルチプロセッシング）、命令列は複数同時並行的に実行される。